乃古石林不仅在颜色上与大石林不同,而且在形态上也有区别。乃古石林的一些石柱上粗下细,或石柱中间有明显的凹陷层。这是因为乃古石林的岩石中含有硅质岩层。硅质层脆而坚硬, 不容易被水溶解, 但受到挤压容易碎裂和崩塌, 在石柱上形成明显的凹陷。