一、2亿7千万年前（二叠纪），石林地区为海洋环境，海底沉积形成了厚层石灰岩。

二、2亿6千万年前，地壳运动使石林地区抬升成为陆地。石灰岩受到挤压，产生破裂。

三、抬升成为陆地的同时，石灰岩中发育了最早期的石林地貌。

四、2亿5千万年前，大规模的火山喷发将早期石林覆盖于火山岩（玄武岩）之下。

五、经过近2亿年的覆盖，至6千5百万年前的中生代末期，火山岩大部被剥蚀，早期石林再次出露地表。

六、5千万年至2千万年前的早第三纪（始新世一渐新世），地壳抬升使石林地区大部成为湖泊。部分石林再次被湖泊沉积物覆盖。

七、2千万年来，古湖泊消失，石林地区逐渐向高原盆地演化，同时发育了最新一期的石林。